29 Nisan 1920'de Mehmet Şükrü Bey'in TBMM'ye verdiği önergeyle 'Hıyanet-i Vataniye Kanunu' kabul edilir. Tehdit unsuru sayılan hareketlere karşı daha sıkı tedbir almak isteyen Dr. Tevfik Rüştü Bey, Mustafa Kemal'e İhtilâl Mahkemeleri kurulması için bir öneri verir. Kanunun çıkarılmasından sonraki dört aylık dönemde, düzenin sağlanamaması üzerine, 1793’te, Fransa’da kurulan olağanüstü yetkilere sahip ‘İstiklal Mahkemesi’nden esinlenilerek ‘İstiklal Mahkemeleri’ kuruldu İstiklâl Mahkemeleri, Türk Kurtuluş Savaşı sırasında ayaklanma çıkaran ve yağmaya girişenleri, bozguncuları, orduya ait silah ve mühimmatı çalanları, casusları, asker kaçaklarını ve bağımsızlık hareketini engelleme amacıyla propaganda yapanları yargılamak için, çıkarılan özel bir kanunla ilk olarak 18 Eylül 1920 tarihinde kurulan mahkemelerdir.
İlk dönem İstiklâl Mahkemeleri, Ankara'daki hariç olmak üzere 17 Şubat 1921 tarihinde kapatıldı. İkinci dönem İstiklâl Mahkemeleri, çalışmalarına 30 Temmuz 1921'de başladı ve 1923'ün Ekim ayına dek faaliyetlerini sürdürdü. Üçüncü ve son dönem İstiklâl Mahkemeleri ise 1923 ile 1927 yılları arasında etkin oldu.
Kurtuluş Savaşı yıllarında görev yapan birinci dönem İstiklâl Mahkemeleri dışında daha sonraları da dönemlerine göre farklı vazifeler yürüten İstiklâl Mahkemeleri kurulmuştur. Sonradan kurulan bu mahkemeler birer devrim mahkemesi niteliğindedir. Uğur Mumcu'ya göre bu kurumlar mahkeme değil, savaş ve ihtilal gibi özel durumlarda isyancı, bozguncu ve karşı devrimcilerin yargılandığı anti-demokratik "infaz kurulları"dır.
Genelkurmay Başkanı İsmet Paşa da 14 İstiklâl Mahkemesi kurulması için öneride bulunur ve mahkemeler Temmuz 1921-Ekim 1923 tarihleri arasında çalışır. İlk olarak Kastamonu, Konya, Samsun ve Yozgat’ta kurulur 17 Şubat 1921'e kadar yaklaşık beş ay kadar çalışır. Bu dönemde casus, bozguncu, eşkıya, hain, asker ailelerine tecavüz edenler en ağır şekilde cezalandırılır. Çerkez Ethem, Atatürk'e suikast, komünist kuruluşlar gibi davalara bakılır. Sonuçta 54 bin insan yargılanır, 1054 insan idam edilir, 43 bin kişi ise sürgün ve hapis cezası alır.
1923'te tekrar açılan ikinci dönem İstiklâl Mahkemeleri, 1927'ye kadar faaliyet gösterir. Bu mahkemelerdeyse asker kaçakları, Kurtuluş Savaşı'nda düşmana yardım edenler ve isyan çıkaranlar yargılanır. Mahkeme, 29 Haziran 1925 tarihinde Diyarbakır'da Şeyh Sait ve 46 destekçisini idam eder. Sonrasında ise Cumhuriyet'in ilanını eleştirenleri, hilafet ve saltanat propagandası yapanları yargılamak için İstanbul ve Ankara İstiklâl Mahkemeleri kurulur. Ulusal otoriteyi sağlamak için kurulan bu mahkemeler bir süre sonra binlerce masum ve mazlum insanın idam edildiği bir yapı haline gelir. İstiklal Mahkemeleri, kanunla kuruldukları için yasaldılar ancak yargılama usulleri açısından hukuk dışıydılar. Çünkü üyeleri, Meclis içinden seçiliyordu ama savcı hariç üyeleri hukukçu değildi. Kapılarının üstünde ‘İstiklal Mahkemesi Mücadelesinde Yalnız Allahtan Korkar” yazan mahkemeler verdikleri kararlardan sorumlu değildiler ancak cezaların gecikmeden infazından sivil ve asker bütün bürokratlar sorumluydu. Kararın verilmesi için delile gerek yoktu. Sanıkların avukat tutmaları çok nadir bir durumdu, zaten ne buna vakit vardı ne de bu görevi üstlenmeye cesaretli avukatlar. Kararlar hâkimlerin vicdani kanaatine göre verilirdi ve temyiz edilemezdi. Verilen cezalar (ve idamlar) derhal infaz edilirdi. Kararlar o kadar acele ile alınır ve yerine getirilirdi ki, yanlışlıkla başkasının yerine idam edilenler bile olurdu.
Ankara İstiklâl Mahkemeleri'nin Başkanı Ali Çetinkaya nam-ı diğer Kel Ali, savcısı Necip Ali Küçüka ve üyesi Kılıç Ali'dir. İşte bu 'Üç Ali', yapılan birçok haksız yargılamayla hafızalara kazınır. İstiklâl Mahkemeleri'nin en temel özelliği ise yargılananların itiraz yani temyiz hakkının bulunmamasıdır. Mahkemelerde yargılananların birçoğu aynı gün içerisinde tutuklanır, yargılanır, cezalarını alır ve idam edilir. Ali Çetinkaya'nın Ankara İstiklâl Mahkemesi dam kararlarının toplamı 2470'tir. Salben (asılarak) gerçekleştirilen idamlarda kadrolu olarak görevlendirilen Keskinli Cellât Kara Ali, Tanin gazetesinde kendisiyle yapılan bir röportajda: "Ben Ankara'da 6128 kişinin sehpada ipini çekmişim." der.
Adalet, Allah Tealâ'nın çok önem verdiği esaslardan biridir. Allah'ın kendisi âdildir ve yaptığı her şeyde adalet tecellî eder. Adalet…Onurlu yaşamak, başkasına zarar vermemek, herkese kendine ait olanı vermek. Anlaşıldığı üzere İstiklal mahkemelerinde verilen kararlar belki bir kanun çerçevesinde verilmiş olabilir. Ama her kanun adil olacak diye bir kaide yoktur. Adil olan kanunların en güzeli olan Allahın hükmüyle yargılanacağımız o gün, Rabbimin KAHHAR sıfatından RAHİM sıfatına sığınıyoruz. Selam ve Dua ile. Allaha emanet olun.
